Die Existenz von Mikroorganismen ist die zentrale Voraussetzung für die Vergärung. Diese Tatsache wurde 1855 von Louis Pasteur ergründet. Ein Blick in die Vergangenheit zeigt jedoch, dass die unbewusste Nutzung von Mikroorganismen jedoch schon etwa 3000 v. Chr begann. Die Ägypter säuerten Brot mit Sauerteig, ferner vergärten die Sumerer und Babylonier Säfte zu alkoholischen Getränken und stellten Bier her. Im Jahre 1810 formulierte Gay-Lussac die Gleichung der alkoholischen Gärung.

Die Entdeckung Pasteurs leitete schließlich das Zeitalter der Nutzung von Mikroorganismen in technischen Systemen der Gärungsindustrie ein. Der Begriff Fermentation wurde geprägt. Die ersten kommunalen biologischen Abwasseranlagen entstanden um 1900 in Großstädten wie Berlin, München und Paris.

Im Jahre 1922 begann in Deutschland die Biogasnutzung, indem die bis dahin gewonnenen Erkenntnisse über die mikrobielle Methanbildung in einen technischen Maßstab umgesetzt wurden.

Die Folge war die Entwicklung von Faultürmen für Kläranlagen. Bis 1937 hatten zahlreiche Städte ihre Fuhrparks auf Biogasbetrieb umgestellt. Anfang der 50er Jahre hatte die Biogasproduktion in landwirtschaftlichen Betrieben in Deutschland eine, wenn auch nur kurze, Blütezeit. Etwa 20 Anlagen waren damals auf Höfen mit mehr als 40 Milchkühen in Betrieb. Als Mitte der 50er Jahre Heizöl billig angeboten wurde, gerieten die Biogasanlagen schnell wieder in Vergessenheit.

Erst die Ölkrisen in den 70er Jahren belebten das Interesse an der Biogastechnik neu. 1983 führten ca. 15 Firmen die Herstellung von Biogasanlagen in ihrem Fertigungsprogramm. Dies führte in Deutschland zum Betrieb von über 100 Anlagen. Eine ununterbrochene Tradition der Biogasproduktion in den Faultürmen der Kläranlagen seit Anfang der 30er Jahre führte zu einem fortgeschrittenen technischen Stand in diesem Bereich, so dass heute viele Kläranlagen die Energie für den Prozess zum größten Teil auf diesem Wege gewinnen. Aber auch die Anzahl der landwirtschaftlichen Anlagen ist ständig gestiegen.

Heute bildet Strom und Wärme aus Biogasanlagen einen festen Bestandteil im deutschen Energiemix. Ende des Jahres 2007 waren ca. 3.700 Biogasanlagen mit einer Leistung von insgesamt 1.300 MW in Deutschland am Netz. Der Anteil an der Stromproduktion betrug beachtliche 8,9%.