Die Abbildung zeigt das Schema eines zweistufigen Biogasverfahrens mit Mischgrube. In der Mischgrube werden sämtliche Inputstoffe angemischt. Das Substratgemisch besteht meist aus den beiden Hauptkomponenten Wirtschaftsdünger und Kosubstraten. Zu den Wirtschaftdüngern zählen Jauche, Gülle und Mist. Als Kosubstrate sind sämtliche biologisch-abbaubaren, organischen Stoffe denkbar, wie z.B. nachwachsende Rohstoffe (Maissilage, Grassilage, Futterrüben), Speisereste, Bioabfall, Abfälle der Lebensmittelproduktion, Pflanzenfette oder Flotate.

Von der Vormischgrube gelangt das Substratgemisch in den Hauptfermenter. Dort findet der Abbauprozess der organischen Bestandteile durch Mikroorganismen statt. Zur Erhöhung des Gesamtabbaugrades und einer weiterführenden Vergärung dient der Nachfermenter. Sowohl im Fermenter als auch im Nachgärer wird somit methanhaltiges, brennbares Biogas erzeugt. Das ausgegorene Substratgemisch wird im Endlager bis zu dessen Ausbringung gespeichert.

Das Biogas sammelt sich in einem Gasspeicher, welcher i.d.R. auf den Dächern der Behälter installiert ist. Von dort aus gelangt es in eine Gasaufbereitung bestehend aus Entschwefelung, Trocknung, Komprimierung bevor es schließlich in einem Blockheizkraftwerk (BHKW) durch einen Verbrennungsprozess zu Strom und Wärme umgewandelt wird. Die produzierte Wärme (80-100°C heißes Wasser) kann zu Heizzwecken verwendet werden.

Der produzierte Strom wird aus wirtschaftlichen Gesichtspunkten meist zu 100% eingespeist und gemäß den Bedingungen des Erneuerbare-Energien-Gesetz (EEG) vergütet.